คริสตินา อากีเลรา เกิดที่เกาะสแตเทน นครนิวยอร์ก รัฐนิวยอร์ก มีเชื้อสายไอริช-เอกวาดอร์ บิดาของอากีเลราเป็นทหารประจำการในขณะนั้น ส่วนมารดาเป็นครูสอนภาษาสเปน ทั้งคู่หย่าร้างกันเมื่ออากีเลรามีอายุได้ 7 ปี โดยอากีเลราและน้องสาวได้ย้ายตามมารดาไปยังรอสเชสเตอร์ซึ่งเป็นย่านชานเมือง พิสต์เบิร์กในรัฐเพนซิลเวเนีย ความสัมพันธ์ระหว่างอากีเลราและบิดานั้นไม่ค่อยราบรื่นนัก เห็นได้จากบทเพลง มีหลายครั้งที่เธอได้ตัดพ้อ รวมไปถึง ชีวิตในวัยเด็ก

ค.ศ. 1988 ตอนอายุ 8 ขวบเธอมีโอกาสไปออกรายการโทรทัศน์เป็นครั้งแรกในรายการ Star Search อากีเลราได้ร้องเพลง "A Sunday Kind of Love" แต่ไม่ประสบความสำเร็จ ก่อนที่อีก 3 ปีต่อมา อากีเลราได้เข้าร่วมเป็นส่วนหนึ่งของรายการมิกกี้ เม้าส์ คลับ ทางดิสนีย์แชนแนล ร่วมกับจัสติน ทิมเบอร์เลค และบริตนีย์ สเปียรส์

อากีเลรา ประสบความสำเร็จในวงการดนตรีครั้งแรกในญี่ปุ่นตอนอายุ 14 กับเพลง All I Wanna Do ที่เธอร้องคู่กับ เคอิโสะ นากานิ